Dưới thời Gia Long đã có 2 vụ án lớn là vụ án của hai công thần Nguyễn Văn Thành và Đặng Trần Thường.[356]

Vụ án Nguyễn Văn Thành

Nguyễn Văn Thành (1758–1817) là người theo Nguyễn Ánh từ ngày đầu ông khởi binh chống Tây Sơn ở Quy Nhơn, lập được nhiều công to đứng đầu công thần. Sau chiến tranh, Nguyễn Văn Thành là người ổn định trấn Bắc Hà, sau lại về kinh làm tới chức Trung quân, tổng tài làm sách luật và quốc sử.

Vụ án của Nguyễn Văn Thành có nguồn cơn từ vấn đề chọn người nối ngôi của Gia Long. Vốn là con trai cả, Nguyễn Phúc Cảnh, cũng như người con trai thứ hai và thứ ba của Gia Long đều đã mất trước khi ông lên ngôi vua (1802) nên ông phải quyết định chọn người kế lập trong số các con cháu trực hệ, trong số này thì hai ứng cử viên nặng ký nhất là người con thứ tư (hoàng tử Nguyễn Phúc Đảm) và con trai của Nguyễn Phúc Cảnh là Hoàng tôn Nguyễn Phúc Mỹ Đường.[357] Gia Long vốn có ý chọn người con trai thứ tư khi này đã hơn 26 tuổi, đã đủ tuổi trưởng thành và khó bề bị khống chế; nhưng nhiều đình thần vẫn ủng hộ Mỹ Đường theo quan điểm "đích tôn thừa trọng" rằng cháu nam lớn nhất và trực hệ sẽ được thay thế cha trong việc kế thừa ông nội, trong đó Nguyễn Văn Thành là người ủng hộ công khai và mạnh mẽ Mỹ Đường.[357] Gia Long đã từng trách Nguyễn Văn Thành: "Hắn muốn dựng vua nhỏ để sau này dễ khống chế".[358] Về việc này thì Choi Byung Wook, giáo sư lịch sử Việt Nam thuộc trường Đại học Quốc gia Hàn Quốc, cho rằng "hẳn nhà vua đã nhớ tới việc khi ông mới mười lăm tuổi đã lên ngôi vương và thường bị tướng Đỗ Thanh Nhơn chèn ép".[358]

Năm 1815, trong một buổi tiệc rượu tại tư phủ, Nguyễn Văn Thành lại buột miệng nói về vấn đề nối ngôi là Mỹ Đường chắc chắn sẽ lên ngôi Thái tử và việc này ngay lập tức được mật báo cho Gia Long.[357] Ngay sau đó, lại xảy ra vụ việc bài thơ 'tạo phản' của con trai ông Thành là Cử nhân Nguyễn Văn Thuyên.[359] Nội dung việc này cụ thể như sau: Cử nhân Nguyễn Văn Thuyên làm một bài thơ mời hai người ở Thanh Hóa là Nguyễn Văn Khuê và Nguyễn Đức Nhuận qua tay một người chuyển tên là Nguyễn Trương Hiệu đại khái là:[356]

Nhưng Nguyễn Trương Hiệu lại đem bài thơ đi báo cho người vốn nhiều hiềm khích với Nguyễn Văn Thành là Lê Văn Duyệt. Duyệt vốn có nhiều hiềm khích với Thành, nên ông này ngay lập tức báo lại với Gia Long. Kết quả là Nguyễn Văn Thuyên bị bắt giam vì lời thơ bị cho là quá ngông cuồng, và có ý tạo phản, truất ngôi vua.

Gia Long ban đầu vẫn bảo vệ Nguyễn Văn Thành. Thế nhưng trong thời gian này lại nổ ra vụ Lê Duy Hoán, một người tự xưng là con cháu nhà Lê, làm phản rồi bị bắt; sau đó Hoán khai do Thuyên xúi tạo phản; Gia Long bèn ra lệnh bắt luôn Nguyễn Văn Thành. Mọi cố gắng kêu oan của Nguyễn Văn Thành đều vô vọng. Oan ức và tức giận, Nguyễn Văn Thành uống thuốc độc tự tử vào năm Đinh Sửu (1817), Nguyễn Văn Thuyên thì bị xử án chém.[356][360] Hai tháng sau khi Nguyễn Văn Thành qua đời, hoàng tử Nguyễn Phúc Đảm được lập ngôi Thái tử và sau đó kế vị Gia Long trở thành Minh Mạng, hoàng đế thứ hai của nhà Nguyễn.[357]

Vụ án Đặng Trần Thường

Đặng Trần Thường (1759-1816) đậu sinh đồ về cuối đời nhà Lê, từ chối giúp Tây Sơn sau khi nhà Lê mất mà đi theo Nguyễn Ánh, lập được nhiều công trạng làm lên tới chức Tán lý.[356]

Vụ án của Đặng Trần Thường được bắt đầu vào khoảng năm 1809, khi ông này được triệu từ Thăng Long trở về Phú Xuân để làm việc ở Bộ Binh thì nổ ra vụ việc bê bối trong nhóm các viên quan làm sổ phong bách thần cho những người xứng đáng ở xứ Bắc Hà, mà đứng đầu nhóm này là Đặng Trần Thường. Triều đình Huế khi tiến hành kiểm tra thì phát hiện có nhiều sự gian dối trong việc ghi chép hành trạng và quyết định mở án điều tra.[361]

Thông qua việc điều tra này, Đặng Trần Thường bị phát hiện làm gian Sắc phong thần cho Hoàng Ngũ Phúc, vốn là tướng của chúa Trịnh từng dẫn quân đánh đuổi chúa Nguyễn và chiếm Phú Xuân năm 1775, vào bậc phúc thần bằng cách xóa các tước hiệu chúa Trịnh phong cho Phúc và thêm tên Phúc này vào sổ nộp về triều đình. Một cuộc tranh cãi lớn nổ ra giữa các đình thần là xử chém Đặng Trần Thường hay xá tội cho ông này trên cơ sở các công lao đã lập được.[361] Trong vụ án này, Nguyễn Văn Thành là người đứng đầu nhóm xin tha cho Thường vì vốn hai ông có mối quan hệ tốt từ trong giai đoạn Nguyễn Văn Thành làm Tổng trấn Bắc Hà.[361]

Cuối cùng, đích thân Gia Long quyết ra án chém Thường vì những việc trước Hoàng Ngũ Phúc đã làm với dòng họ chúa Nguyễn cũng như những ảnh hưởng cả đến cả cá nhân Gia Long; riêng Nguyễn Văn Thành cũng bị phạt vạ vì đã biện hộ cho Thường.[361] Tuy nhiên, Gia Long nghĩ đến công lao ngày trước nên ông lại tha chết cho Thường, chỉ cấm Thường rời khỏi Huế[361]. Sau khi Nguyễn Văn Thành bị bắt giữ năm 1816[361] thì Lê Chất, một người có nhiều hiềm khích với Đặng Trần Thường, lại bới những việc sai phạm của Thường ra như khi ra coi Tào binh ở Bắc Thành đã có giấu thuế đầm ao và dinh điền. Vì vậy, Đặng Trần Thường lại bị bắt giam và trong ngục ông này tỏ ý mỉa mai Gia Long. Việc đó đến tai đình thần, nên khi kết án, đình thần xử tội giảo (thắt cổ đến chết).[359]. Tương truyền Đặng Trần Thường ở trong ngục có làm bài "Hàn Vương tôn phú" bằng quốc âm để ví mình như Hàn Tín đời nhà Hán.[356][359].

Đánh giá về hai vụ án này, nhà sử học Trần Trọng Kim ví những vụ án này của Gia Long giống như Hán Cao Tổ Lưu Bang của nhà Hán xử công thần sau khi lên ngôi vua.[362] Tuy nhiên, giáo sư Keith Weller Taylor, trưởng khoa châu Á của trường Đại học Cornell (New York, Hoa Kỳ) thì lại cho rằng hai vụ án có nguyên nhân sâu xa hơn từ sự nhạy cảm của Gia Long đối với vấn đề vùng miền Bắc Nam (trong một Việt Nam thống nhất) và nỗ lực của ông để giảm xung đột của các viên quan từ phía Nam với những người xuất thân từ miền Bắc tại Triều đình Huế. Cụ thể là trong việc Thành biện hộ cho Thường, vụ làm phản của Lê Duy Hoán, và vụ Thường tìm cách đưa Hoàng Ngũ Phúc vào sổ phong phúc thần đều là những yếu tố có ảnh hưởng tác động đến kết quả của hai vụ án trên; còn về vụ việc Thành âm mưu lấn quyền hay phản nghịch có lẽ chỉ là cái cớ chứ không có thật ("more smoke than fire")[363]. Còn giáo sư Alexander Woodside, giảng dạy tại khoa lịch sử thuộc Đại học British Columbia, vụ án của Nguyễn Văn Thành là một "vụ án nổi tiếng nhưng không rõ ràng" và vụ án này "chỉ rõ quyền lực tuyệt đối của Gia Long cũng như nỗi bất an của nhà vua trước (những người có nhiều quyền lực như) Thành".[360]